RSU Petukangan mempunyai Apotek 24-jam yang mengelola obat-obatan dan vitamin. Apotek ini mempunyai persediaan obat yang terjaga dari waktu kewaktu sehingga persediaan obat untuk pelayanan selalu tersedia. peraturan perusahaan mewajibkan semua obat yang dipasok ke apotek adalah obat yang berasal dari Farmasi dan distributor resmi, dan mempunyai akreditasi POM (Pengawasan Obat Masyarakat), sehingga obat dan Vitamin dijamin keasliannya. Hal ini untuk mencegah masuknya obat-obatan palsu dan obat kadaluarsa yang marak beredar di masyarakat. Obat-obat palsu dan kadaluarsa biasanya dijual dengan harga yang sangat rendah dan dapat berakibat buruk kepada pasien. Apotek ini dikelola oleh Apoteker dan Asisten Apoteker yang bekerja dalam shift 24 jam secara bergiliran. Pelayanan Apotek bertujuan untuk memberikan obat yang tepat sesuai anjuaran dokter, serta memberikan konsultasi terus menerus kepada pelanggan mengenai tata cara pemakaian obat dan vitamin yang tepat.
